| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 736,083 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 736,083 | 0 | A | T | 100.0% | 366.3 / NA | 154 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (91/63); total (91/63) | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,084 | 0 | G | C | 99.4% | 350.8 / NA | 154 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (91/62); total (91/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,085 | 0 | T | A | 100.0% | 363.6 / NA | 154 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (91/63); total (91/63) | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATAC > CP042583/735808‑736364 ||| cGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGtatttatt < 1:1011667/289‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |