| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 736,161 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 736,161 | 0 | A | T | 100.0% | 408.0 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 736,162 | 0 | G | C | 99.4% | 408.5 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (99/75); minor base A (1/0); total (100/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,163 | 0 | C | G | 99.4% | 416.0 / NA | 175 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (99/75); total (100/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
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TTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCG > CP042583/735881‑736442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |