| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 736,203 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 736,203 | 0 | A | T | 99.0% | 458.7 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/85); minor base G (0/2); total (107/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,204 | 0 | G | C | 99.5% | 456.5 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/87); minor base A (1/0); total (107/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,205 | 0 | C | G | 100.0% | 458.5 / NA | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (107/87); total (107/87) | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAAC > CP042583/735926‑736484 ||| ggCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCg < 2:1562120/289‑1 (MQ=255) agcaCTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGaa < 1:1583629/288‑1 (MQ=255) tcatttATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGACTGATaaaa > 1:1253494/4‑289 (MQ=255) tcatttATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACCATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATaaaa > 2:142588/4‑289 (MQ=255) 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GGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAAC > CP042583/735926‑736484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |