Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 462,935 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 462,935 | 0 | A | T | 98.7% | 356.7 / NA | 151 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 462,936 | 0 | G | C | 99.3% | 353.1 / NA | 151 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (64/86); minor base T (0/1); total (64/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 462,937 | 0 | T | A | 99.3% | 358.2 / NA | 151 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (64/86); minor base C (0/1); total (64/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACAGTCGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACA > CP042583/462663‑463204 ||| ggtgCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTGCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACACATCCTGGCTCATAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCTCAAATATCTTTAATAg < 1:436909/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |