Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 739,294 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 739,294 | 0 | A | T | 100.0% | 616.5 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 739,295 | 0 | G | C | 99.6% | 614.0 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/137); minor base A (1/0); total (121/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 739,296 | 0 | T | A | 99.6% | 616.8 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (120/137); total (121/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGG > CP042583/739017‑739575 ||| catcatTAATAACCATTTTGAACGCGTAATGGATGGCTGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGGCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCgg < 1:1933318/287‑1 (MQ=255) taatTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGGTGCCGATGTCAAAAAACGCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGATGACCTGACCAAAGCAAAGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACTTCTATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGa < 1:1209431/287‑1 (MQ=255) catTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGAt < 1:1174172/289‑1 (MQ=255) atTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATa < 2:1667038/289‑1 (MQ=255) aataaCCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAg < 1:1064294/289‑1 (MQ=255) taaCCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGt > 2:1761959/1‑289 (MQ=255) aTTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAAACCTTAAATAACAAATCCCGGTAGATAAAGGTAAAg > 1:361767/1‑288 (MQ=255) 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AGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGG > CP042583/739017‑739575 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |