Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 739,459 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 739,459 | 0 | A | T | 99.5% | 455.0 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 739,460 | 0 | G | C | 98.5% | 452.1 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (88/102); minor base A (1/2); total (89/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 739,461 | 0 | T | A | 99.5% | 459.3 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (89/103); minor base G (0/1); total (89/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
AAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCG > CP042583/739181‑739738 ||| aaaaaGGCGTTTATTGGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGAGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAaatgaatg < 2:1883659/289‑1 (MQ=255) aaaaGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAaatgaatg < 2:382959/288‑1 (MQ=255) aaGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAAATGAATGTcc < 1:133819/289‑1 (MQ=255) aGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAAATGAATGTCCt > 2:564985/1‑289 (MQ=255) 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tgtAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCAtgctg > 2:1790768/1‑288 (MQ=255) gtAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCAcc > 1:1658842/1‑220 (MQ=255) tAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCa < 1:921932/241‑1 (MQ=255) ||| AAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCG > CP042583/739181‑739738 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |