| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 740,249 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 740,249 | 0 | G | C | 100.0% | 649.1 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 740,250 | 0 | C | G | 100.0% | 640.7 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (137/135); total (137/135) | |||||||||||
| * | CP042583 | 740,251 | 0 | T | A | 99.3% | 640.1 / ‑6.6 | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/135); minor base C (2/0); total (137/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CGAGTAGCATCTGGAAATCTTCTTCTGTCTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTACTGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTGCTTAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGGCTGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCTTCACTTAACACTTCGCCAATCGGACGGCTCACCAGGTCGCCGCGCATAGACGGAATAATGCAGAAGGTGCAGCGGTGATTACAGCCTTCAGAAATTTTCAGATAGGCATAATGACGCGGCGTCA > CP042583/739969‑740523 ||| cGAGTAGCATCTGGAAATCTTCGCCGGGCTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTTGAGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGCCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTg < 2:537947/289‑1 (MQ=255) aTCTGGAAATTCTCTTCTGTCGCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTTGTGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 1:1346296/287‑1 (MQ=255) aTCTGGAAATCTTCTTCTGTCTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTTGAGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 2:1473340/287‑1 (MQ=255) cTGGAAATCTTCTTCTGACTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTTGAGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGGTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAgg < 1:1287162/289‑1 (MQ=255) 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cAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGCGAGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCt > 2:1764634/1‑165 (MQ=255) cccAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGCGAGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCTTCACTTAACACTTCGCCAATCGGACGGCTCACCAGGTcgc > 1:950122/1‑199 (MQ=255) cccAGTTTCGATAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGCGAGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCTTCACTTAACACTTCGCCAATCGGACGGCTCACCAGGTcgc < 2:950122/199‑1 (MQ=255) ||| CGAGTAGCATCTGGAAATCTTCTTCTGTCTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTACTGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTGCTTAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGGCTGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCTTCACTTAACACTTCGCCAATCGGACGGCTCACCAGGTCGCCGCGCATAGACGGAATAATGCAGAAGGTGCAGCGGTGATTACAGCCTTCAGAAATTTTCAGATAGGCATAATGACGCGGCGTCA > CP042583/739969‑740523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |