| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 463,337 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 463,337 | 0 | A | T | 99.6% | 534.9 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (144/79); minor base A (1/1); total (146/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,339 | 0 | T | A | 100.0% | 543.3 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (146/81); total (146/81) | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
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AGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTG > CP042583/463058‑463615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |