| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 463,466 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 463,466 | 0 | A | T | 99.2% | 625.1 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/124); minor base G (1/1); total (142/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,467 | 0 | G | C | 99.6% | 622.9 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (140/124); total (142/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,468 | 0 | C | G | 100.0% | 629.7 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (142/125); total (142/125) | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
ATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGG > CP042583/463188‑463747 ||| atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 2:1017362/289‑1 (MQ=255)atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 2:766449/289‑1 (MQ=255)atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 2:1074933/289‑1 (MQ=255) gggAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAggg < 1:637424/289‑1 (MQ=255) 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tGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACtt < 1:52461/289‑1 (MQ=255) tGGTGATATAGCCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGAGCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGGATGTTGCTGCGCAGGCTTAGTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACtt < 2:296102/289‑1 (MQ=255) ttgcGGCGCATCGTTATTTAGGGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGAAAACCAAGGGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGcc < 2:1690683/286‑1 (MQ=255) tatCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCgcgc < 2:1165942/288‑1 (MQ=255) tatCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGcc < 2:34305/289‑1 (MQ=255) cGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATACGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTgg < 2:239701/289‑1 (MQ=255) ||| ATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGG > CP042583/463188‑463747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |