Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 744,575 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 744,575 | 0 | A | T | 99.5% | 438.9 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 744,576 | 0 | G | C | 100.0% | 443.8 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 744,577 | 0 | T | A | 99.5% | 444.0 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (100/87); minor base G (1/0); total (101/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTAGCGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCAGTGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATC > CP042583/744295‑744856 ||| gAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGAcc > 1:1885909/1‑289 (MQ=255) agcaATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCAt < 1:863414/287‑1 (MQ=255) gcaATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCATAcc > 1:1549228/1‑289 (MQ=255) gATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATATTTGGGTTCTTCGGCCAACCAAGGCGGTTATCCGTTT‑ATCTCCGGAATGGTTGGGGCGGAAACCCGCCGGAACCGGTTTTAAGAGTCTGGAGAATTAATGAACCTGGGGTTCCGGCTCCTTGGAAA‑CGTTACGGCAATTAAAACTTAATGCACCCTTTGGGCCCCTGCCCGCCTGGTTTGGTGAT‑AGAGGGGAGGGAATTCCGGGGCAAGGGGAACGGGGCGCGGTGACCATCCGGCGTGGGCaccgga > 2:295224/1‑284 (MQ=255) 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aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 1:294652/289‑1 (MQ=255) aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 2:1268135/289‑1 (MQ=255) aGCGGGCTCAGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATc < 1:1632398/289‑1 (MQ=255) ||| GAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTAGCGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCT‑GAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATT‑AAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGC‑AGGTGAAGCGGGCAGTGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGGATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATC > CP042583/744295‑744856 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |