Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 463,616 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 463,616 | 0 | A | T | 99.7% | 700.8 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (144/154); total (146/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 463,617 | 0 | G | C | 99.0% | 682.5 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (144/151); minor base T (2/1); total (146/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 463,618 | 0 | C | G | 99.7% | 705.4 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/153); minor base A (0/1); total (146/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
AGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCA > CP042583/463337‑463895 ||| tcaaCGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATc < 1:1524789/286‑1 (MQ=255) cTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGAttt < 2:1805261/289‑1 (MQ=255) tACGATCCGTTGGTTACACCTGTATATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAg > 2:385565/1‑289 (MQ=255) aCGATCCGTTGGTTACACCTGTATATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAgg < 1:385565/289‑1 (MQ=255) ccGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTa > 1:349968/1‑289 (MQ=255) ttACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCACAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCg < 1:722603/288‑1 (MQ=255) ttACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGCTATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCATGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCg < 1:1890027/288‑1 (MQ=255) ttACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCg < 1:1210404/288‑1 (MQ=255) acCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCGGGGCAGGCGATGGGGTCGGGCTATCAGGTGTTATGTTTTATTGTCGCCGa > 2:1535034/1‑288 (MQ=255) cTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCa > 1:413284/1‑289 (MQ=255) tttATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGaa > 1:285503/1‑289 (MQ=255) tttATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGATGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTTGCCGATAAGaa > 1:1733428/1‑289 (MQ=255) tttATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGGCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGGTGGGGTCGGGCAATCAGGATTTATGTGTTATTGTTGCCGATCAGa > 1:1543624/1‑288 (MQ=255) 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tAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑GCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCGGGTCAGGCGATGGTGTCGGGCAATCAGGATTTAGGGTTTTTTGTCGCCGATCAGAACGATTCGCCg > 2:399024/1‑289 (MQ=255) aGTTTTGGTGGCCGGGGTGAAGTCCCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGa < 2:1349935/289‑1 (MQ=255) ttttGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGAt < 2:651658/288‑1 (MQ=255) ttGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCa > 1:1145716/1‑288 (MQ=255) tggCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCt > 2:52461/1‑289 (MQ=255) ggCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTa < 2:935787/289‑1 (MQ=255) 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gCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGcc < 2:252243/169‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCggg < 2:460506/289‑1 (MQ=255) aGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTGATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTAATTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTATTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACtgttg > 1:1119538/1‑287 (MQ=255) ccGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTGGGACAATAAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGt < 1:116324/288‑1 (MQ=255) gTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGAt > 1:1226592/1‑289 (MQ=255) gCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATGGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCTGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTAACCATAAGGTACGGAGAATGAGCAGAGTACTCTTTAGCTGTTTTTGTGGGCTACGGTGGAGTTACAGTTGATggtgt > 1:1095080/1‑286 (MQ=255) ||| AGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGT‑AATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGC‑AAACCAAGAGCATTGCGG‑TCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAA‑TGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCA > CP042583/463337‑463895 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |