Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 746,792 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 746,792 | 0 | A | T | 99.2% | 564.4 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (95/143); minor base G (0/2); total (96/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 746,793 | 0 | G | C | 99.6% | 568.7 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (95/144); total (96/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 746,794 | 0 | C | G | 100.0% | 575.5 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (96/145); total (96/145) |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTAGTA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCTACTTGGTCCGCTGGTGGGCGCGGCGTGGATCCATGTGCTGCC > CP042583/746522‑747072 ||| cgcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA‑TCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGcc > 2:1447991/1‑289 (MQ=255) cgcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA‑CCTATATCTGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGcc > 1:1230039/1‑289 (MQ=255) cgcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACACTATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGCTTACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACCATGGCTGCTGTGGCCGCTGTCGTGTCGTATTGGTCGcc > 2:732297/1‑289 (MQ=255) gcTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTTGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTTCTTTACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCg < 1:162004/289‑1 (MQ=255) 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agaaATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg > 2:354545/1‑274 (MQ=255) tttGCTTGTAAAATAAGTGGGTGTCCGGGGCGTGGATTGTACTTCCGGAGTTGCTTTTCCCTCTCTGTTTGGATGTTTACAAAGTTTCAA‑CTCATATCGACAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGGGGAGCAATATCAGGCGGGCGTTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGTATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGTTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCAc < 2:1345219/288‑1 (MQ=255) gcatggaAAATAAATTGGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCCGGCGTTCCTTTTCCCTCTCGGTCTGGTGCTTTACGAATTTTTAA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTg < 2:1785435/289‑1 (MQ=255) 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CGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTAGTA‑CCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCTACTTGGTCCGCTGGTGGGCGCGGCGTGGATCCATGTGCTGCC > CP042583/746522‑747072 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |