| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,404 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,404 | 0 | A | T | 97.2% | 478.2 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (89/118); minor base C (5/1); total (95/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,405 | 0 | G | C | 99.1% | 485.2 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (92/118); total (94/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,406 | 0 | C | G | 98.6% | 482.8 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (90/119); total (94/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TCGGTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTG > CP042583/747123‑747685 ||| accGAGCCAACCCTGGAGCGGCCACGCGGATTGTGGCGAAGCTGGAACTGAAAGCACTCGGTCGTGACTATAAGCGGGTGCTGAAGAACGGCCGATTGGTGGAGGGGGCGCTGGCGATGGGTTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGGCCATTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCGTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtac < 2:225095/286‑1 (MQ=255) gcataccgaaaaCCGACAAGCATATAGGAGGGAAACTGTCACGCAAAGTACTCGGGCGTGACTATAGGCTGAGGCTGAAGAACGGCCGCGTTGGGGCGGGGGCGCGTGCGCTGGGATGGGGTAGTCTGCCGTGGCTGGCGTGGATCGCCCAGTAGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcgc < 2:1287859/279‑5 (MQ=255) aTGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcgctga < 1:423325/289‑8 (MQ=255) tGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACcgtacgttcgctgat < 2:1682314/289‑9 (MQ=255) taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGAt < 1:704294/289‑1 (MQ=255) taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGAt < 1:1794406/289‑1 (MQ=255) agaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGAACGCCCAGTCGCCGCTTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCCCGCGCCGCACCGTCCGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTTTGAt > 1:1621902/1‑289 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGACCTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1924974/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1024058/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1614306/288‑1 (MQ=255) 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tCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAg > 2:212846/1‑273 (MQ=255) tCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTg > 1:1534643/1‑289 (MQ=255) tCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTg > 1:265697/1‑289 (MQ=255) ||| TCGGTCTGCAACGAGCCATGCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTG > CP042583/747123‑747685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |