| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,422 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.0% | 478.4 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (89/114); minor base C (2/0); total (93/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 98.1% | 462.5 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (91/112); total (93/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 99.0% | 469.4 / ‑6.7 | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (91/113); total (93/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTAC‑GTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700 ||| cgcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTg < 1:904400/289‑1 (MQ=255) gcgTCTGGGCGAGAACCTGTCACGGAAGGAACTCGGTCGGGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTGGCTGC‑AGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:21240/288‑1 (MQ=255) gagaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGa < 1:1927819/289‑1 (MQ=255) agaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGa < 1:1689140/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1024058/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGGGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:734192/288‑1 (MQ=255) aactgtcacTGAAAGAGCTGCGTCGTGACTATAGGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTg < 2:183925/280‑1 (MQ=255) actgtcacTGAAAGAACTCGTTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGt < 1:783258/282‑1 (MQ=255) tGAAGGAACTGTGTGGTGATGTTAAGCTGGTGCTGAAGATCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGAGCGCCCAGTCGCCGAATATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGt < 2:240084/289‑1 (MQ=255) ggTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCgg < 1:749999/289‑1 (MQ=255) 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tGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGGGGGTCGCCCAGGCGCCGATTATTATCATTTCCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGGATATGGCTTGCTGCAAGTGCCCATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTTACTT‑GCTGTTATCGCGTCTGACCTCCCGCCCCACCGTCC‑CTTCGTTGTTTTTTTTTGGCGGCTGGCCGGTGATTCTTGGTCGTTTCGTTGCTGTTGCggtgaac > 2:1677003/1‑284 (MQ=255) aaGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCGGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTTCCTCAAGTGCCTATTTTTGGGGCGTTAATTGCGGGGAACTTGGTTTTTGGCGGGCTTGCCCCG‑CGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGGTTATTATGGGGGGCTGGCCGCTTGTGACTGGTCTGTTGGTTGCTGGCGCggaaccg > 2:627862/1‑277 (MQ=255) aaGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATc > 1:113656/1‑288 (MQ=255) 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cctcgcgccgcACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACgg < 1:642785/284‑1 (MQ=255) cgcgccgcACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCCGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGGTAAGCATTTATGCTTTCGGTAATGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACACTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCTCGATAGGAATACTGCAAATGCTGATCTTTCCCGTTGGTATTGAAATCACAAAACATTCCAGGCTGAACggcg > 2:1569044/3‑286 (MQ=255) cACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACgg > 1:813607/1‑288 (MQ=255) aaCCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGTGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGa < 1:468665/288‑1 (MQ=255) ||| CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTT‑GCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTAC‑GTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |