| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 755,131 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 755,131 | 0 | A | T | 98.3% | 538.2 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base T (115/115); minor base G (0/4); total (117/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 755,132 | 0 | G | C | 99.6% | 543.9 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (117/119); total (117/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 755,133 | 0 | C | G | 99.6% | 556.6 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (115/121); total (117/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATAGCTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGAGCGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TAGCCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAA > CP042583/754852‑755412 ||| agGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCACGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATACGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCa > 1:149482/1‑289 (MQ=255)agGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCa > 1:1666704/1‑289 (MQ=255) ggTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCa < 1:1266434/288‑1 (MQ=255) tGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCAtt > 1:1807988/1‑288 (MQ=255) cAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGc > 1:25546/1‑288 (MQ=255) ttGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGc < 1:886857/289‑1 (MQ=255) tCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGt > 1:778215/1‑288 (MQ=255) cccGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGTTCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGtt < 1:1585658/288‑1 (MQ=255) aTGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGc < 1:288089/288‑1 (MQ=255) aTGGAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCa > 1:142370/1‑289 (MQ=255) gAACGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAAct > 1:814500/1‑289 (MQ=255) aaCGCTCTATTCGTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACAGGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGACAGTTACCCCATTTTGACGCAGTTATCCCGCGTATTGGCACCCACATTACCTTTTATGGGCCGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGATCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCCCGTGACAAATTGCTTTCCATGCAAca > 2:1915776/1‑287 (MQ=255) ctctattcgtGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGtt < 2:919063/265‑1 (MQ=255) tcgtGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTc > 1:589493/4‑289 (MQ=255) gTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAgg > 1:517580/1‑288 (MQ=255) aaGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGc < 1:991827/288‑1 (MQ=255) aGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATTGAACTGCTGCCGCGTCCTGGCa > 2:179348/1‑288 (MQ=255) cGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCCTTGCCCGGGCGCGTGCCAAATTGCGTTCCATTCAACTGCCGGCCGGTCAggggcac > 2:932846/1‑284 (MQ=255) gCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGgcgc > 2:1615825/1‑239 (MQ=255) gTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGAcctgc < 2:882223/288‑1 (MQ=255) gTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGAcctgc < 2:142370/288‑1 (MQ=255) tGAAGCCGCTATACACAGCGGTCACATGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCGTGCCACATTAACATAAATCCTGCGGCGCCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCACGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCCATGCGCCAGT‑TCGAGCTGCCGGGGAGCTACACGCTCACTGAGTCAGG‑CGCCATTGCCCGGACCTGTGACAAATTGCGTTCAATCCAACTACTGGCCCGTCAGGGACACGCcctgcca > 2:1671983/1‑288 (MQ=255) 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cgcgGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCCGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTgcg > 2:765210/1‑288 (MQ=255) gcgGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCa < 2:591959/289‑1 (MQ=255) cgGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGTACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑t > 1:1512456/1‑289 (MQ=255) 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AGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATAGCTGTAAGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGAGCGT‑CGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TAGCCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAA > CP042583/754852‑755412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |