Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 755,224 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 755,224 | 0 | A | T | 99.5% | 446.5 / ‑5.2 | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (81/107); minor base C (1/0); total (82/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 755,225 | 0 | G | C | 99.5% | 429.2 / ‑6.4 | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (81/106); total (82/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 755,226 | 0 | C | G | 99.5% | 445.9 / ‑7.2 | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (81/107); total (82/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGAGCGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TAGCCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCCAATTT > CP042583/754946‑755501 ||| gAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACACGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGTCATTGGCCA‑TTCGCCGgatgat > 2:802062/1‑288 (MQ=255) ttCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGAc < 1:1495877/289‑1 (MQ=255) agagtacaaTAAATCCTGTGGCGGCGTTTATTCGTCACAATGGCCCAAAGTTACCCCAGTTTGCCGCAGTGATCCCGCGTATTGGAACGGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑GCGAGATGCTGTGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACACATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCgg < 2:1469878/281‑1 (MQ=255) aaaTGAAAATAAATCCTGCGGCGTTTTCATTTCACTACAAGGGCCGGAAGTTACCCCATTTTGCCGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCgg < 2:1778068/287‑1 (MQ=255) cATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCggt > 1:1439988/1‑289 (MQ=255) cATAAGTCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACACAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGGGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTgcg < 1:1875893/289‑1 (MQ=255) cTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCtggt > 1:167700/1‑289 (MQ=255) cggcgTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCC‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGCGGTGCGCCGCTggtggt > 1:1683408/1‑289 (MQ=255) cggcgTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCtggtgg > 1:527184/1‑288 (MQ=255) cggcgTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCtggtgg > 1:300435/1‑288 (MQ=255) cggcgTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TAGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCtggtgg > 1:1588886/1‑288 (MQ=255) ggcgTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAAATGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTgcg > 1:1340384/1‑277 (MQ=255) tcttctATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCtggttggcaggt > 2:123684/1‑281 (MQ=255) tcttctATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCACCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGGCTG‑TACCAGCCATTTAATCGCCATGGTCGGTGGTTGGCCGCTGGTGGTCAAgt > 2:313725/1‑289 (MQ=255) ctATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAgttggt < 1:1310655/289‑1 (MQ=255) aTTCACTACAACGGCCGCAAGTTACCCCGTTTTGGCGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAgttggttg < 2:225518/289‑1 (MQ=255) aCTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAATTGGGGTGAAgg > 2:838996/1‑289 (MQ=255) aCTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAggg > 1:202469/1‑289 (MQ=255) tACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGTCGGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGAc > 2:1318985/1‑246 (MQ=255) 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cctgTCACGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCaa > 1:794343/1‑210 (MQ=255) gTCCCGGGCATTGCGCA‑TTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACAGGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGTTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGtt < 1:987418/289‑1 (MQ=255) ||| TTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCACCGCCATTACCTTTTATGGGACGGCGGCACTGCGCCAGT‑TCGAGATGCTGGGGAGCTATCCGCTCAATGAGAGCGTCGCCATTGCCCGGGCGCGTGACAAATTGCGTTCCATGCAACTGCTGGCGCGTCAGGGCATCGACCTGCCTGTCACGGGCATTGCGCA‑TAGCCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCCAATTT > CP042583/754946‑755501 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |