Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 756,705 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 756,705 | 0 | A | T | 99.1% | 524.8 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 756,706 | 0 | G | C | 99.6% | 526.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (132/92); total (133/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 756,707 | 0 | C | G | 99.6% | 527.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (132/92); total (133/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCGCTGGACA > CP042583/756429‑756984 ||| tCGATTTGGCTTTATCATATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGtt > 1:1248766/1‑288 (MQ=255) 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TCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGTTCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCGCTGGACA > CP042583/756429‑756984 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |