Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 758,638 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 758,638 | 0 | A | T | 98.9% | 614.0 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (139/127); minor base C (3/0); total (142/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 758,639 | 0 | G | C | 98.9% | 623.3 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (141/127); total (142/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 758,640 | 0 | C | G | 99.6% | 637.0 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/129); minor base T (0/1); total (142/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GGCCCTGGCCCGAAGCCTTGCGAAGCGCCCGAAACTATTACTGCTCGATGAGCCGATGGGCGCGCTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCC > CP042583/758358‑758917 ||| ggccctggcccGAAGCCTTGCGAAGCGCCCGAAACTATTACTGCTCGATGAGCCGATGGGCGCGCTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAAc < 1:224772/289‑1 (MQ=255) 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cgTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACAt > 1:1530709/1‑289 (MQ=255) cgTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCCGGTGCATCCACTGAAAGGCGACGCGGGTGCCTCGGTGTTCCACAACGTGCCGGTACAt > 2:592830/1‑289 (MQ=255) cgTCGGTGTGACTCGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACCAGCATCCGACTACCCGCTATCGCGCCGGATTTATTGGCCCGGTAAACGTCTTTGCACGCGTACTCAAACGTCGTCAGGCAGATGGCCTAGAGCGCGATTGGCCGGGGCTGGTGCTTTCACTGAAAGTGTACGACGTGGCCTTGGTTGTCGATAACGCACCGGGACaa > 2:1026830/1‑288 (MQ=255) 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cgcCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCACGCCAATGGTTGTAAGTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACAAATTGCCTATCTGGGCGATCTGTCGGTGTAGAAAGTTGGTTCGAAAGGTGGGCTGATGAtt > 2:284608/1‑289 (MQ=255) cgacgtaTTTATGGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCGGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAgatgat < 2:1179577/282‑1 (MQ=255) cGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAg < 1:408874/288‑1 (MQ=255) 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GGCCCTGGCCCGAAGCCTTGCGAAGCGCCCGAAACTATTACTGCTCGATGAGCCGATGGGCGCGCTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCC > CP042583/758358‑758917 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |