Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 758,872 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 758,872 | 0 | A | T | 99.6% | 571.1 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 758,873 | 0 | G | C | 100.0% | 568.7 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (120/123); total (120/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 758,874 | 0 | C | G | 99.2% | 558.8 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (116/123); total (120/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTG‑GTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTG‑AGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTTG > CP042583/758596‑759153 ||| tACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTG‑GTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACg < 1:1948951/289‑1 (MQ=255) gacgggccaccggatACCCGATATAGCGCCATATTGATTGGTTCGGTAAACGTCTTGGAAGGCGTACTCAAAGAGGGGCAGGAGGATGGCCTGGTGATGGATTGGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGCAGCGGATGCCTCGGTG‑GTCGATAACGGGCCGGTACATGTGGCGCTGGGCCAGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACg < 2:126848/275‑1 (MQ=255) aTCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTG‑GTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCg > 1:554188/1‑286 (MQ=255) ccGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTG‑GTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTggg < 2:427107/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |