| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 465,683 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 465,683 | 0 | G | C | 99.2% | 593.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (110/142); total (111/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 465,684 | 0 | C | G | 99.6% | 589.2 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (111/142); total (111/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 465,685 | 0 | T | A | 98.8% | 598.5 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/141); minor base C (1/2); total (111/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTAGC‑TCGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGGCTACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAA > CP042583/465407‑465958 |||| gCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCGACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCta < 1:1008535/289‑1 (MQ=255) tGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATaa > 2:427784/1‑289 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 2:1778023/1‑288 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 1:555429/1‑288 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 2:352496/1‑288 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 1:44189/1‑288 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGACCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 2:1948288/1‑288 (MQ=255) 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aGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGa > 2:1572695/1‑289 (MQ=255) cTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATAttttt > 1:1175323/1‑289 (MQ=255) tACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTg < 1:1776100/289‑1 (MQ=255) tACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTAAGTGATATTTTTg > 2:1383436/1‑289 (MQ=255) aaCCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTTTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTACTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑CTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAACAACAGAGATAAAGAACG‑ACGTCCTGATATAGCCGCATAATTGAGCCACCTGATTGATAttctgtccct > 2:693699/1‑281 (MQ=255) aCCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACG‑ACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTAt < 2:548775/288‑1 (MQ=255) 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GCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACG‑‑GTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTAGC‑TCGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGGCTACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAA > CP042583/465407‑465958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |