| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 759,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 759,760 | 0 | A | T | 98.7% | 550.5 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (118/117); minor base C (3/0); total (122/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,761 | 0 | G | C | 98.3% | 542.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (121/113); total (122/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,762 | 0 | C | G | 98.7% | 552.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (119/116); minor base T (2/1); total (122/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTT‑ATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCT > CP042583/759482‑760041 ||| cTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTT‑TTCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCTGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGtt < 1:628429/288‑1 (MQ=255) 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acgggttgttGATTAATTTTTTCATGTGGCGGCGGGTT‑ATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATTTCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTtgt < 2:1872914/280‑1 (MQ=255) acGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTT‑ATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTtgt < 1:901856/289‑1 (MQ=255) acGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTT‑ATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTtgt > 1:1248640/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |