| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 761,556 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 761,556 | 0 | A | T | 99.1% | 825.6 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (182/165); minor base G (1/2); total (186/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,557 | 0 | G | C | 99.4% | 824.9 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (183/167); minor base A (2/0); total (186/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,558 | 0 | T | A | 99.7% | 841.7 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (185/167); minor base C (1/0); total (186/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTA > CP042583/761277‑761834 ||| aTGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGttt > 2:450860/1‑289 (MQ=255) gcAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGCAGCATTGTGCGCGCCGGGTGA‑CGGCCCCGAACAAGGGGTTCGtaa > 2:1343434/1‑289 (MQ=255) gaagtGCCGGTTATTCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGAAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaataa < 2:1428521/284‑1 (MQ=255) aGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaata < 1:1516781/286‑1 (MQ=255) gCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATggtggt < 1:1091109/289‑1 (MQ=255) cTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGgtggtg < 2:605566/289‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTgg < 2:1837623/289‑1 (MQ=255) aTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGc > 1:1302525/1‑289 (MQ=255) aTGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCCCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTTAGTGGTAGc > 2:1536643/1‑289 (MQ=255) ctgTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGaa > 1:889505/1‑289 (MQ=255) 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tataATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCttt > 1:1500978/1‑289 (MQ=255) tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:274412/1‑288 (MQ=255) tcgCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTg > 2:1851931/1‑288 (MQ=255) 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ccGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCa < 1:1860677/289‑1 (MQ=255) aaTGGTGCGCGCC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGAtgctgc < 1:492318/288‑1 (MQ=255) gcgcC‑GGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTa < 1:608891/288‑1 (MQ=255) ||| TCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATT‑CCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCC‑GGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTA > CP042583/761277‑761834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |