Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 761,688 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 761,688 | 0 | A | T | 98.6% | 814.4 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 | |||||||||||
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* | CP042583 | 761,689 | 0 | G | C | 100.0% | 831.8 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (174/181); total (174/181) | |||||||||||
* | CP042583 | 761,690 | 0 | T | A | 98.0% | 816.9 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (170/176); minor base C (4/3); total (174/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAG > CP042583/761409‑761966 ||| tGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAATCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGGGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 2:29866/1‑288 (MQ=255) 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ttctCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGgag < 1:1625265/286‑1 (MQ=255) ttATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGgag < 1:969977/289‑1 (MQ=255) aTCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGttatt > 2:744441/1‑236 (MQ=255) ||| TGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAG > CP042583/761409‑761966 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |