| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 762,231 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 762,231 | 0 | A | T | 99.6% | 561.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 762,232 | 0 | G | C | 99.6% | 557.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/117); minor base A (0/1); total (121/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 762,233 | 0 | T | A | 99.6% | 563.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/117); minor base C (0/1); total (121/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
AGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTACGATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGATATGTTCCCGCATACCGCGCACTATG > CP042583/761954‑762510 ||| gagaCGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTGATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTgg > 2:438921/1‑289 (MQ=255) agaTCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAAc > 1:1916440/1‑289 (MQ=255) aTCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAAcgc > 1:244152/1‑289 (MQ=255) gACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCaa > 1:1115288/1‑289 (MQ=255) 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cACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCt < 1:1351231/286‑1 (MQ=255) aaCTGGGGGAGGGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCt < 2:1469419/285‑1 (MQ=255) aaTGACGTCCCGCGTTGGGTCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa < 2:1034734/289‑1 (MQ=255) 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AGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTACGATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGATATGTTCCCGCATACCGCGCACTATG > CP042583/761954‑762510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |