| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 767,035 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 767,035 | 0 | G | C | 98.4% | 565.6 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (128/119); total (130/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,036 | 0 | C | G | 99.6% | 581.8 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (129/121); total (130/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,037 | 0 | T | A | 98.8% | 575.9 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (128/118); total (130/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
AATAACGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTT‑CCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACT > CP042583/766756‑767313 ||| tAACGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGc < 2:334984/289‑1 (MQ=255) cGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAAc > 1:709447/1‑289 (MQ=255) gCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTggg > 2:1218892/1‑289 (MQ=255) gCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGGTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCAGGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACACCGTCCATGACACAACCCTGGCCTCCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCCGGTCACCCCGTTTGAGATCCACGCCCACGGCAACGTTACGCGCATCACGATAAGTGATAGCCCTCGCCATGGCCACGttc > 2:1952051/1‑286 (MQ=255) 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tGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTc < 1:750931/289‑1 (MQ=255) cGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGAc < 1:998592/289‑1 (MQ=255) ggCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCaa < 1:1264512/277‑1 (MQ=255) 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cACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGCATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCCCTGGCAAAGTGGGCGCAATCCGGCATGGGGGTTCGCCGGGAAAATgg > 2:1571665/1‑289 (MQ=255) cGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGAt < 1:38031/289‑1 (MQ=255) aaaTGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCg < 2:159974/289‑1 (MQ=255) 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cGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTT‑CCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGCCTGTCTttggttcctg < 1:1578820/289‑6 (MQ=255) tAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTT‑CCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACt < 1:1779936/289‑1 (MQ=255) ggATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTT‑CCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGt < 1:1338824/162‑1 (MQ=255) ||| AATAACGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTT‑CCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACT > CP042583/766756‑767313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |