| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 780,486 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 780,486 | 0 | A | T | 99.1% | 499.3 / ‑3.0 | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (97/111); minor base C (1/1); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 780,487 | 0 | G | C | 99.1% | 495.3 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (97/113); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 780,488 | 0 | T | A | 98.6% | 487.8 / ‑6.1 | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (97/111); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 780,489 | 0 | A | T | 97.7% | 483.0 / ‑6.5 | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base T (97/112); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 780,490 | 0 | G | C | 98.6% | 488.1 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (97/112); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 780,491 | 0 | C | G | 99.1% | 491.6 / ‑6.1 | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (97/113); total (99/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGCGGTGAGTTGC‑TTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑AGTAGC‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAAC > CP042583/780221‑780756 |||||| cGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACACCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCtgctgg > 1:138741/1‑289 (MQ=255)cGCACGTCCATTGTTGCTGGTCGAAGATCAAGACTCCAGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCAACACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCtgctgg < 2:424862/289‑1 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGTGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCACGGTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGACGATAGCCGACGCATATCCTTTCAGATTCGCTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTCGCACGCcgctggtt > 2:293823/1‑289 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTTCTCGCGCGTTGGCGCCTGGCGTCTGGGGCTGAGTGTCTTGGGTCCCGGAGGTACACGGCGGATCTTCTTTCACTTTCGGTTTGAACGTACG‑‑GCATCGATGTTTGCACGCtggtgggt > 2:1749357/1‑287 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCtgctggtt > 2:524163/1‑289 (MQ=255) tGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGgga < 1:1600913/289‑1 (MQ=255) gATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGggaa < 2:1790587/289‑1 (MQ=255) tCCAGAATCCCGTTTACACCCCATTATGCTTTGGGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCCCCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAAcc < 2:1400772/289‑1 (MQ=255) tCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCATGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGggaaacggaaa < 1:651831/287‑1 (MQ=255) aaCCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGtt < 1:972820/289‑1 (MQ=255) aaCCCCTTTACACCCCTTTATCCTTTCGTCTGCCTGGAATTTGTTGAATCTCAGGCAAATGCGACGCATTGAAACCACCAACTGGGGTGAGTGGC‑CGTCGGTAACAACGGAAGTGAAAGTTTGCCGATTGCAACGGGAGTACTCTCGCGCTGCCGCCAGGCGTGGGGGACCGAGGGGCTTGGGTAACGAAGATAGCCGACGAATATCCTTTCTCATACGTTTTAACCGTCCG‑TCTTCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAGCCAGGAtt < 2:657423/289‑1 (MQ=255) cGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCa > 1:1854981/1‑289 (MQ=255) gTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCaa > 1:384395/1‑289 (MQ=255) ccATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACT‑GTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGgcg < 1:1518199/289‑1 (MQ=255) ttATGCTTTCCGTTGCCTGGCATCTCTTGAATCTGCTGCCATTGCCGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTCGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGcgcg < 2:1290741/289‑1 (MQ=255) tgctttcagtTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGC‑TTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCa > 1:462765/9‑289 (MQ=255) 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tCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTTAATAACGATCGGGAAGCCg > 2:1550056/1‑289 (MQ=255) ttCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCccgc > 2:543631/1‑185 (MQ=255) ttCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACg > 1:1478470/1‑289 (MQ=255) tCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTAAGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACga > 1:1588549/1‑289 (MQ=255) acaTTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACgaga < 1:78210/289‑1 (MQ=255) acaTTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCG‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACgaga > 1:473629/1‑289 (MQ=255) |||||| CGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGCGGTGAGTTGC‑TTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑AGTAGC‑CTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCATTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAAC > CP042583/780221‑780756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |