| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 784,093 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 784,093 | 0 | A | T | 98.9% | 422.9 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (83/100); minor base C (2/0); total (86/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,094 | 0 | G | C | 98.9% | 422.8 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (85/99); minor base T (1/1); total (86/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,095 | 0 | C | G | 99.5% | 423.6 / NA | 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (85/99); total (86/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTA > CP042583/783816‑784372 ||| ggtggggCATACGGGGATTACGGTCACCCCCGATCCGACGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGAAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTc < 2:1789119/284‑1 (MQ=255) ggCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTAATGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTg > 1:197194/1‑288 (MQ=255) aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGCTCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAACAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGCACCTGTTGTCCACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGCTGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGACTACAATGCGTACTTTACTGACAATGCTGTGGATTATTTTCGGTATTTCGTCGGGGGTTTCCATTGT‑C‑gtgg > 1:304673/1‑289 (MQ=255) aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑gtgg > 1:1836885/1‑289 (MQ=255) 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gctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCg < 2:359122/288‑1 (MQ=255) ctgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGGCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGa > 1:663790/1‑289 (MQ=255) tgctCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGGGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGGCGCCGCCAAAAAAATGGTGGCGGCGGat > 2:1053446/1‑289 (MQ=255) 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TCGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGT‑C‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAA‑AGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTA > CP042583/783816‑784372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |