| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 468,412 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 468,412 | 0 | G | C | 99.5% | 444.9 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (102/93); total (102/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,413 | 0 | C | G | 98.5% | 439.9 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (100/93); total (102/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 468,414 | 0 | T | A | 96.9% | 440.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (100/89); minor base C (2/4); total (102/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGGC‑TCTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATACTGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTAGAGGGCATTGCTTCCCAGTCCACGTT > CP042583/468133‑468689 |||| ggTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGc < 1:432312/288‑1 (MQ=255) aTTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCa > 1:1344066/1‑288 (MQ=255) aTTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCa > 2:931807/1‑288 (MQ=255) tGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCAcc > 2:1773046/1‑288 (MQ=255) 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accgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGgt > 1:235141/1‑289 (MQ=255) accgaccTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGgt > 1:1232305/1‑289 (MQ=255) ccggccgtctcATGCAAAGGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGGCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGgt < 2:514236/280‑1 (MQ=255) cATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGgttccagttcca > 1:457594/1‑288 (MQ=255) aagcggcggAAATTGAGGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCGTATTATCAATGTCATCAATGACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGCCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAgcgcg < 2:1660248/285‑1 (MQ=255) aaaCGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTTATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGGCGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAgcgcg < 1:1858176/288‑1 (MQ=255) 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tCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGt > 1:1171296/1‑289 (MQ=255) tCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGGTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTTCAGTTCGAGTTCCGGCTGACCAGGAAGGTAACGTTTCGCCTGCAGccaccaat > 2:980192/1‑287 (MQ=255) cacgAACCCCATTCTCCGCCGGTTTGGGCA‑TTCCCGGCGCCTGTGCGATATACCCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAACGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTa < 2:235141/286‑1 (MQ=255) ggAGGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTACCCCACAAGGAGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTaga < 1:1290145/289‑1 (MQ=255) ttATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATACATTGTCGCCCGCGCCACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTGCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGAGCACGCAGCCACCAGAAGAGTGCAttc > 2:252256/1‑287 (MQ=255) ttCGAGCATTTCCCGCG‑ACTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATTGAGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGATTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCCGCCACCAGTAGAGGGCATTTGTTcccgttca > 2:1930542/1‑283 (MQ=255) |||| GGTACTCATTGCGCCGGAACGCAAGCCGATGGAAGAATCGAAACTGAACGTCCAGCGGCGACCGACCTCCTCATGCAAACGGCGGAAATTGAAGCGTTGTTGATTTTGTTCTGGGGTCAGTGGGGTTATCAGCGCCTGATTATCAATGTCATCAATCACCAGCCGGGCGTAGTGCTGCGTCGCAGGCATGTCATCCAGACGCTGGTTCACGTAGGCCAGTTGTCGGATCAGTGCCGGATCGTCCGGAAGCCCTTTATGCGCCGGTTCGAGCATTTCCCGGC‑TCTGTGCGATATCACCGCTATCCCACAAGGCGTAACCAAGCGCTGCCTGGGTGTTGCTATTATTCGGTTCCAGTTCCAGCGCGGCGCGCAAATCACTCACCGCGGCCGGGACATTATGACGTTGGCGATAAATTGTCGCCCGCGCAACGTAAGCGTTGGCAGAAGGCGCAATATTGATACTGCGCGTGAGATCGTTCAGTGCGAGTTCCGGCTGACCAGGAATGTAACGTTGCGCATGCAGCCACCAGTAGAGGGCATTGCTTCCCAGTCCACGTT > CP042583/468133‑468689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |