| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 796,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 796,454 | 0 | A | T | 99.6% | 558.0 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (117/118); total (118/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,455 | 0 | G | C | 99.2% | 554.6 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (116/119); total (118/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,456 | 0 | C | G | 99.6% | 557.3 / ‑3.8 | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (117/119); minor base . (1/0); total (118/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGAGTTGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCGT > CP042583/796184‑796735 ||| cTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCg < 1:18914/289‑1 (MQ=255) tGCTGTTCCTAATGTTCCTGTTGGCC‑TCTCGGTGCTTGCCTGCCTTACTAACCTTTGACCCGTCGGACCCCAGCTGGTCGCAACCTGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATCCGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 2:844323/289‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGgcgc < 1:437551/288‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:1738683/289‑1 (MQ=255) ccTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCtt < 2:908114/289‑1 (MQ=255) ccTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGCGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTGGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGCATACAGTGATTCTTTTTCCG‑TGTCGCTAGGCCTCCTTGGCGTTTTGGCGCTCCTCCtt > 2:698177/1‑289 (MQ=255) cTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCC‑TACTACGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 1:256114/289‑1 (MQ=255) ttATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCTGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 1:585749/289‑1 (MQ=255) ttATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTAc < 2:1850080/289‑1 (MQ=255) ttGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:511652/277‑1 (MQ=255) 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cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCCTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGCTACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAACACTTTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATTACTGCCGTTTTGGCGCTCATCCTTTCCTCCggtg > 2:1205006/1‑289 (MQ=255) cTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCC‑TACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGGGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCACTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGAGGAATACATGGAGTATTTTGCCT‑TGTGGCTACGCGACATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCGTTCCTCCTTTgg > 2:256114/1‑289 (MQ=255) tttgtccGTCT‑GTTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGt < 2:374851/284‑1 (MQ=255) 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cccttcggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGcc < 1:567644/282‑1 (MQ=255) tcggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCg > 1:1357937/4‑289 (MQ=255) cggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACg < 2:587042/265‑1 (MQ=255) aCCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTg < 1:640497/288‑1 (MQ=255) agctggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACg < 1:1870998/244‑1 (MQ=255) agctggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACg > 2:1870998/10‑253 (MQ=255) 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CTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCT‑GGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCG‑TTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGAGTTGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCGT > CP042583/796184‑796735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |