Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 799,205 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 799,205 | 0 | A | T | 99.7% | 696.6 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,206 | 0 | G | C | 99.3% | 691.7 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (148/146); total (150/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,207 | 0 | C | G | 100.0% | 701.9 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (150/147); total (150/147) |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTAGCGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGGTGTGTTAACGAGATGGAGCGTCGGTATAAACTGATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATT > CP042583/798925‑799485 ||| aCCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGACAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGc > 1:263761/1‑289 (MQ=255) 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aaaaaCGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCa < 1:1505361/289‑1 (MQ=255) aaaaCGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCAt < 2:564709/289‑1 (MQ=255) ccGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATCACGCCAAATTACGCGATAATCCGTACCCATCACACGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGACGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGa < 1:863068/289‑1 (MQ=255) 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aatccggcgcagttAACCGTGGGGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGgt < 2:1183856/277‑1 (MQ=255) aaTCCGTGTCCTTTAACCTGGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAGATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGgt < 2:581707/289‑1 (MQ=255) cgtcgccATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGgtgtgt > 1:276576/6‑289 (MQ=255) 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GGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTAGCGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGGTGTGTTAACGAGATGGAGCGTCGGTATAAACTGATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATT > CP042583/798925‑799485 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |