Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 808,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 808,906 | 0 | A | T | 99.6% | 606.0 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/146); minor base G (1/0); total (115/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 808,907 | 0 | G | C | 99.2% | 607.9 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (113/145); minor base T (2/0); total (115/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 808,908 | 0 | T | A | 99.2% | 599.5 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (113/145); minor base C (2/0); total (115/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACG > CP042583/808626‑809185 ||| tctTCCGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTTCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCGCATCCTAt > 2:623884/1‑289 (MQ=255) tctTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGTTGTTAAATACACTTGTGCCGCGTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGTCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAt > 1:1245617/1‑289 (MQ=255) aGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCa > 1:587886/1‑288 (MQ=255) gTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAAc < 1:1405637/287‑1 (MQ=255) atgaatgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTg > 1:1327394/1‑288 (MQ=255) atgaatgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTg > 1:82875/1‑288 (MQ=255) ataaataattAATATCAATCTATAATACCGCCGCTGGGATATCTCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGt < 2:1545552/280‑1 (MQ=255) 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ggCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAgcg < 2:1074137/231‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAgcg > 1:1074137/1‑231 (MQ=255) ggCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatgat < 2:1253992/289‑1 (MQ=255) ggTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCG‑TTTGTCGC‑GGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTtta > 1:634383/1‑289 (MQ=255) ttGTCAGCTCATCCGATTTTACCGGCATCCTTGTCGGTACATTGCTGTCAGGGTATGTCGTTAAGCTCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCTTCCTTGCTTTTTGCCGTTAGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACg < 2:218661/288‑1 (MQ=255) ||| TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTAT‑ACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACG > CP042583/808626‑809185 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |