Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 809,398 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 809,399 | 0 | G | C | 99.6% | 546.9 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/115); minor base T (1/0); total (118/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 809,400 | 0 | T | A | 98.7% | 543.8 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/115); minor base C (3/0); total (118/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
ATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTAGTACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGATAGCACGAGTATTACGAGTATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCAGTGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGC > CP042583/809122‑809681 ||| tttggCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGATTCGACGTCAATTACGTCAATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCTCAGGAATCGtt < 2:73016/284‑1 (MQ=255) 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gAATGGCTGCATTATCTCAGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCt < 2:647433/288‑1 (MQ=255) cTGCATTATCTCAGGAATCGTTCTGGGATCTCCATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATTCCAGCATTAGTTTCTGAATGGCGGTACTGGTCAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGCTAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCTTCATTCTCGGCAGTATCGCCATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGATCCGCTGGCTTTCCGCCATATCCg > 2:673671/1‑289 (MQ=255) tGCATTATCTCAGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCgg > 1:85675/1‑289 (MQ=255) ||| ATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTAGTACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGATAGCACGAGTATTACGAGTATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCAGTGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGCGGGTATCCTTGGACAATGGCCGATTGGACGTCTGGCGGATAAGTTTGGTCGACTGCTGGTGTTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGC > CP042583/809122‑809681 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |