| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 439,806 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 439,806 | 0 | A | T | 99.3% | 696.4 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/148); minor base C (2/0); total (147/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,807 | 0 | G | C | 99.0% | 676.5 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (145/147); total (147/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,808 | 0 | C | G | 99.7% | 700.1 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (147/148); minor base T (0/1); total (147/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGC > CP042583/439527‑440084 ||| ccTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCAt < 1:227262/288‑1 (MQ=255) 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gTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGTGCACACCCATATT‑‑TCTGAGCCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCAt > 2:1664752/1‑279 (MQ=255) tctggtctggTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCTCACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTg > 1:1397018/1‑289 (MQ=255) tctggtctggTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTg > 1:41749/1‑289 (MQ=255) ctggtctggtGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGt < 1:1277218/289‑1 (MQ=255) tctggtGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTAGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCg > 2:1453077/1‑287 (MQ=255) ||| GGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATT‑‑TCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGC > CP042583/439527‑440084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |