| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 811,254 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 811,254 | 0 | A | T | 99.6% | 566.5 / ‑5.7 | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (119/120); minor base C (1/0); total (120/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 811,255 | 0 | G | C | 99.6% | 554.5 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (119/119); total (120/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 811,256 | 0 | C | G | 99.6% | 566.3 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (120/119); total (120/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATAGCGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCGCTGCTGGCGCGT > CP042583/810980‑811535 ||| caacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCg < 1:102490/289‑1 (MQ=255)acacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATGGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGGATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCg < 2:515950/287‑1 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTCGTGATGCCGCTGCg > 2:1011277/1‑289 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCg < 2:136980/289‑1 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCg > 2:239953/1‑289 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCg > 1:615594/1‑289 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCg > 1:523057/1‑289 (MQ=255) 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tAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCt > 1:343340/1‑279 (MQ=255) gcgcTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTgg < 1:918740/277‑1 (MQ=255) cTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCTCAGAAATATaaa > 2:1604437/1‑288 (MQ=255) 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tGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCgct > 1:600401/1‑286 (MQ=255) tGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCgct > 1:1924336/1‑286 (MQ=255) ttGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGAttt < 1:1814285/142‑1 (MQ=255) ttGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATg < 2:1646443/195‑1 (MQ=255) ttGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGgcg < 1:213150/231‑1 (MQ=255) ||| CAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATAGCGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCGCTGCTGGCGCGT > CP042583/810980‑811535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |