Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 821,904 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 821,904 | 0 | A | T | 99.6% | 592.0 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 821,905 | 0 | G | C | 99.6% | 582.3 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/107); minor base A (0/1); total (141/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 821,906 | 0 | T | A | 99.6% | 585.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (140/107); total (141/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTAGTGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTGGCGGC > CP042583/821625‑822185 ||| aaTGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGtt > 1:1939733/1‑289 (MQ=255) 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ccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTacac > 1:750495/1‑288 (MQ=255) tgGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTTCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAGACTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCTGTAACGCCCGTTCATTACACGCCGa > 2:1464326/1‑289 (MQ=255) tgGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTTCGCCATATGCCGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATAAGCGTTCAGCCGATCGTAAGCGTGTCGAAATCAAGCGTAACGGCGGTccctgccaccgaca > 2:1844057/1‑277 (MQ=255) 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ttgagttCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTc < 2:292414/281‑1 (MQ=255) ttgagttCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATATGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACAAATCTGCTGGATAGCGATGAAGTGCGCCATCTGCTGCATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACTCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTa > 1:1159289/1‑288 (MQ=255) agttCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTCCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACg > 2:654097/1‑288 (MQ=255) 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gCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGa < 2:1165653/218‑1 (MQ=255) ttAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGggcg > 1:360620/1‑289 (MQ=255) ttAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGggcg > 1:1502275/1‑289 (MQ=255) aaGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCttt > 1:1337160/1‑286 (MQ=255) gCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTgg > 2:338043/1‑289 (MQ=255) taCGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCAGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTggcggc > 2:1532345/1‑289 (MQ=255) ||| GTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTAGTGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTGGCGGC > CP042583/821625‑822185 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |