Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 829,854 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 829,854 | 0 | A | T | 100.0% | 655.4 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 829,855 | 0 | G | C | 99.3% | 649.6 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (132/139); total (133/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 829,856 | 0 | T | A | 99.3% | 650.3 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/139); minor base C (1/1); total (133/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTAAGCAAGCGTTTTCGCAACATCAGTAAAAACATGCAGAACACCATGGGGCAGGTGACCACCAGCGC > CP042583/829577‑830134 ||| gcCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGAc < 2:194243/289‑1 (MQ=255) aaGGGGGTCTGATCGGGGCGGGCGAAGCGCAAATCCTAAACGCGTCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTTATGATGGCTTTGGTAAAACAGTGCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACagtc < 2:1686864/289‑3 (MQ=255) gTCTGATCGTGGCGGGCCTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCCCGTTCTCGCTCCTTAAGCCACCTCTTGATGCCGGCTTTTGTTAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGGTGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTCTCTCCTGGGTACCAGGAACGGGGGTCATGACCATGCCTCGCCGTCTGTTTCGTCACCTGAGTGTAATGCCAGTTTGCTTCTTTGACATACagtccaaggg > 2:1384424/1‑281 (MQ=255) cTGCTCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCATCGCAGCAAGCGATACCTTCATGTTCTCGCTCCTTACGCCACTTATTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGCTCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGGGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTTCATTCTTTGACAAACAGTCAACGGGTa < 2:105704/289‑1 (MQ=255) 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GCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTAAGCAAGCGTTTTCGCAACATCAGTAAAAACATGCAGAACACCATGGGGCAGGTGACCACCAGCGC > CP042583/829577‑830134 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |