Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 472,822 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 472,822 | 0 | G | C | 99.2% | 545.9 / ‑4.5 | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 472,823 | 0 | C | G | 99.2% | 550.3 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (132/102); minor base T (0/2); total (132/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 472,824 | 0 | T | A | 99.2% | 555.4 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (131/103); minor base C (1/1); total (132/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ATGAACATGATGACCGCTAACGTTATCGCGATTACTTTTAAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCGCTCGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATGCTTTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTGCTAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCA > CP042583/472548‑473102 ||| tgaACATGATGACCGCTAACGTTATCGCGATTACTTTTAAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAAcc < 2:1871703/289‑1 (MQ=255) 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cgcgCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGGCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGAGCAATGGGAGTACCGGGGGTTTCGACGATAACTTGCAACAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAAGTGTCTCCACGGGTGGCGTATAACGCAGGGCATTCGAAAGCAGGTTGCTTATCGTCCGACGCCGCATCa > 1:1646941/1‑289 (MQ=255) ||| ATGAACATGATGACCGCTAACGTTATCGCGATTACTTTTAAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCGCTCGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATGCTTTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTGCTAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCA > CP042583/472548‑473102 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |