Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 831,506 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 831,506 | 0 | A | T | 98.6% | 481.5 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (89/115); minor base G (2/1); total (92/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 831,507 | 0 | G | C | 99.0% | 478.0 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (90/115); total (92/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 831,508 | 0 | C | G | 99.5% | 483.6 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/115); minor base A (0/1); total (92/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTAAGCCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGT > CP042583/831228‑831785 ||| aaCTTCACCAAATGTATTTTGGCCAATGGTCGAAAAACTCGGGTCTGGGGACTCCCCTTTGTGCCGGCTTTTGCTGCCACTCTCTTGGTTGTATGGGCTGGTGGGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACGGAAGCGCGCCGGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATggtggt < 2:1332978/289‑1 (MQ=255) aaCTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATggtggt < 1:706439/289‑1 (MQ=255) aaCTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGACTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATggtggt < 2:237741/289‑1 (MQ=255) aCTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTa < 1:1651051/289‑1 (MQ=255) aCTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTa < 1:393997/289‑1 (MQ=255) aCTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGAGATGGTGGTa > 1:1226906/1‑289 (MQ=255) cacaAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAg > 1:355294/1‑287 (MQ=255) 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gcgcGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCttt > 1:734231/1‑289 (MQ=255) cgcgGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTg > 1:141881/1‑271 (MQ=255) cgcgGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTg < 2:141881/271‑1 (MQ=255) ggggTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTggtggt > 1:990496/1‑289 (MQ=255) ggggTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTggtggt > 1:204839/1‑289 (MQ=255) ggggTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACAGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTggtggt > 1:257195/1‑289 (MQ=255) ||| TACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGT‑TGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTAAGCCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGA‑TGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGT > CP042583/831228‑831785 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |