Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 472,861 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 472,861 | 0 | G | C | 100.0% | 554.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 472,862 | 0 | C | G | 99.6% | 555.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (130/105); minor base T (1/0); total (131/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 472,863 | 0 | T | A | 99.2% | 548.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (131/102); minor base C (0/2); total (131/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCGCTCGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATGCTTTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTGCTAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCAGCGGATCGCCCGCGACCTGACACTTGTCGCCAACAA > CP042583/472587‑473138 ||| aaggcctagacacAGGTAGCCAAAACGTCAAGAAGCACGTCCAAACAAAAACCTTAAATTAACGCTGTGTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGCGTAATGTGATAACAAACCTCGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 2:89201/277‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGc < 1:1490370/289‑1 (MQ=255) ggTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATAcc > 2:739659/1‑287 (MQ=255) agaagCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCg < 1:330005/289‑1 (MQ=255) 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aaaaCCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCaa < 2:1002121/289‑1 (MQ=255) tACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCCCTATCGCCCGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCCCTTGCGGGAGGGGTAAACGCGAtt > 2:1043611/1‑288 (MQ=255) tACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATa > 1:28812/1‑289 (MQ=255) 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aagTTTAGTGTGGCGATAATAAAGGTTTTCTATGAATTGGTATAGATTATTACAATTAATAGGAACTACTATGGCGGGAATTAATTATTAACATGGTTATAAAAGTTGCTGTTTGATGAAGGATTAGGAGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATGCGACGTTACCGCAACCGGGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAAt < 2:1083668/287‑1 (MQ=255) gggTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCTATTTCCCTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGCGGGGTCACCGCGATAGAAAAGGTCAAACCATcccgcgc > 2:615074/1‑286 (MQ=255) gggTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTa > 1:87189/1‑289 (MQ=255) 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cgACAACAATCGATTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTCGAAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCAGCGGATCGCCCGCTACCTGACACTTGTCGCcaacaa > 2:1254097/1‑288 (MQ=255) ||| AAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCGCTCGTTACCGCAACCGTGCCTT‑TATGCGCGACAACAATGCTTTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTGCTAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCAGCGGATCGCCCGCGACCTGACACTTGTCGCCAACAA > CP042583/472587‑473138 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |