Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 833,892 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (111/128); minor base A (0/3); total (111/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 833,894 | 0 | T | A | 98.4% | 565.4 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/127); minor base G (0/4); total (111/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GGAAAACTTTGGTATAACCAGGAAAAACAAGAGCTTATTTGCAAACTGGACAACCTCGCTTTCCCGCTGCGTGATGGCATTCCAGTGTTGCTGGAAACGGAAGCCCGCGTGCTGACTGCTGATGAGAGTAAAAGTTGATGTAAACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGC > CP042583/833612‑834172 ||| ttgaaatcattgcctgcccggtttgcaacggaaaactttggtataaccaggaaaaacaagagcttatttgcaaactggacaacctcgctttcccgctgcgtgatggcattccagtgttgctggaaacggaagcccgcgtgctgactgctgatgagagtaaaTCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGcc < 1:801362‑M2/128‑1 (MQ=255) 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tCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCCCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCggggg > 2:817073/1‑287 (MQ=255) tCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCCCGCCCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCCGGCg > 2:1784436/1‑289 (MQ=255) gTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTg > 1:604562/1‑288 (MQ=255) gTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGc < 2:558869/289‑1 (MQ=255) ttCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGAGTCAGGTGGGTATGGGGACTTTGGGGGTGc > 2:896674/1‑288 (MQ=255) aCGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGGTCGCATCATCGTGGAAACAGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCATGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCca < 2:1390090/288‑1 (MQ=255) ||| GGAAAACTTTGGTATAACCAGGAAAAACAAGAGCTTATTTGCAAACTGGACAACCTCGCTTTCCCGCTGCGTGATGGCATTCCAGTGTTGCTGGAAACGGAAGCCCGCGTGCTGACTGCTGATGAGAGTAAAAGTTGATGTAAACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGC > CP042583/833612‑834172 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |