| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 439,962 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,963 | 0 | G | C | 99.7% | 717.4 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (140/160); total (140/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,964 | 0 | T | A | 99.7% | 718.9 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/160); minor base G (0/1); total (140/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTCAAATGCTTCGTTGCGACCTGTGGCGATCGCGGTATCGACAACGACTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAG‑CTGGGCGAACTGGGTCAGCCGGTGCTGGTGCACTGCGAAAACGCGCTGATTTGTGACGAACTGGG > CP042583/439685‑440242 ||| ttttAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCCCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGAACGCGCTTCAATTGAACTGAAGt > 1:895508/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |