Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 836,121 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 836,121 | 0 | G | C | 99.5% | 433.7 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,122 | 0 | C | G | 99.5% | 429.3 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (88/98); minor base A (1/0); total (89/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,123 | 0 | T | A | 98.9% | 432.8 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (88/97); total (89/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CAGCTTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAG‑GCTTTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTACTTCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGGCTATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCAGCGCCAATAATCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGTGTAAAAAGCATCCTTTCTGGTTCCTTTTTTAACCATATAGCAAGGGATCGCCAGCGATATTAC > CP042583/835841‑836400 ||| cAGCTTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAG‑CGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACTGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAattatt < 2:631558/289‑1 (MQ=255) tcttcttcGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAG‑CGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTGTAACCACCCCCGAGCACCACGATACAGCCCACTTTTTGCAAATTATTCCATg > 2:1506117/1‑289 (MQ=255) tcttcttcGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAG‑CGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAATTATTCAATg > 1:1365953/1‑289 (MQ=255) tctgcttcGGTATCTTTTGCCAAATCCAGGGTCATAATTTGCTCGCGCTGCACGCCCAG‑CGATTGCGCAACTCCGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCATTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAATTATTCCATg < 1:156352/289‑1 (MQ=255) 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tCCACTTTTTGCGAATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACACAAGAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCATCCCGGTTTTTTGAAGACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCGAGCGACAATACTCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACGTATTACCAATCACTTTTTTCAGTGTCATATGCATCCTTTCTGGTTCCTTCTTTACTCATCTAGATAGGGATCGCCAGCGATAtt > 2:1715376/1‑289 (MQ=255) cACTTTTTGCGAATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCACCGCCAATAATCAACAACAACCGCGGCCGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGCATAAAAAGCAGCCTTTCTGGTCCCTTTCTTAACCATATAGCAAGGGATCACCAGCGACATTaa > 2:114536/1‑288 (MQ=255) cACTTTTTGCGAATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGAAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCAGCGCCAATAATCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGTGTAAAAAGCATCCTTTCTGGTTCCTTCTTTAACCATATAGCCAGGGATCGCCAGCGATATTaa > 2:477938/1‑288 (MQ=255) ||| CAGCTTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAG‑GCTTTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTACTTCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGGCTATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCAGCGCCAATAATCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGTGTAAAAAGCATCCTTTCTGGTTCCTTTTTTAACCATATAGCAAGGGATCGCCAGCGATATTAC > CP042583/835841‑836400 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |