| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 839,555 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 839,556 | 0 | G | C | 99.6% | 566.8 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/121); minor base T (1/0); total (122/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,557 | 0 | C | G | 99.2% | 568.1 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (121/120); total (122/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTA‑TAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTG‑TGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCT > CP042583/839275‑839835 ||| gATTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTA‑TTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGccac < 1:1010183/289‑1 (MQ=255) aTTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGAGTCTGTTA‑TTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGccac > 1:243880/1‑288 (MQ=255) ggTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTA‑TTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgtgg > 1:1566949/1‑289 (MQ=255) gTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGGAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTACCACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTA‑TTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgtggt > 1:1334241/1‑289 (MQ=255) 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cTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTG‑TGCGTCTGCAACCGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCCGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAAGCGTGCAGCTTAAACAGGTACACTCCATGACTGATTACCACTCGCTGATGTGCGATATGGGCATAATcgcgc > 2:127730/1‑289 (MQ=255) cTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTG‑TGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACCCCAGGCGCCCGTGCTGCCGCTTAACGAGATGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGCGCAGTTTAAACAGTTCAACCCCATTAATGATTACCACCTGCTGATGTTCGATCTGGGCATCAAcgcc > 2:352620/1‑287 (MQ=255) cATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTG‑TGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACTCGCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCt > 1:923761/1‑288 (MQ=255) ||| GATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTA‑TAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTG‑TGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCT > CP042583/839275‑839835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |