Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 843,368 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 843,368 | 0 | A | T | 100.0% | 670.2 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 843,369 | 0 | G | C | 99.0% | 656.5 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (151/131); total (152/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 843,370 | 0 | C | G | 99.7% | 665.8 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (150/133); total (152/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGT > CP042583/843088‑843648 ||| cgtgcgtCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGt > 1:1228066/1‑289 (MQ=255) 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tCTGGTGCATTGTCTTC‑CGGTGGGGCGATTGGTACCGGTGTGTCGGTTCTGTTGATGGTGGTACAATGCTGCGAAGATGAATCGCGCCGGCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGAAGCGCGACTGGATGCTCTTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGaa < 2:626007/288‑1 (MQ=255) tGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGGCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAatat > 1:1188319/1‑228 (MQ=255) gTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAACTATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGAAAAGTCTTCCCGAAAACCGAACACGt > 2:1122812/1‑289 (MQ=255) ||| CGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGT > CP042583/843088‑843648 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |