Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 843,398 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 843,398 | 0 | A | T | 99.3% | 641.2 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (153/118); minor base G (1/1); total (155/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 843,399 | 0 | G | C | 99.6% | 641.0 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (155/117); total (155/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 843,400 | 0 | C | G | 99.6% | 646.7 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (154/119); total (155/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCC > CP042583/843119‑843678 ||| cacgcCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTgg > 2:1820544/1‑289 (MQ=255) atgctctttgATGTGCTCCATGAACACCACTACAAGCAACAGGTTCTGTTTAACCGCAACCGTTTGACCTTATCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGAtgg < 2:1802026/280‑1 (MQ=255) aCTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTAGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTa < 1:1320127/289‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACaaa > 1:1511489/1‑287 (MQ=255) gtgCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGCTGGTGGTACaaa > 1:1546024/1‑286 (MQ=255) gCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATCTGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGCGAAGACCTGCTGGATTACCGCAACTAACTGGAACTGCAAGTTGAGGTTACCCGTGGCTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TGTTCACACGCTGAGGCGAATGGTACCGGTATGCCGTTTCTGGTGATGGATGTACATAGCTgc > 2:1859405/1‑288 (MQ=255) gCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGGGTTTGGTGATGGTGGTACAAAGCTgg > 2:101653/1‑289 (MQ=255) 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aTCGGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTgcg < 2:1511588/289‑1 (MQ=255) aTCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACCAAGCTGGGAAGATGAAACTCGCCGCCGgc > 1:7196/1‑288 (MQ=255) aTCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTgcg < 2:460408/289‑1 (MQ=255) 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aGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCg > 1:574370/1‑289 (MQ=255) aGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCg > 2:925796/1‑289 (MQ=255) ggCGATTGGTACCGGTATGTGGGATCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCg < 2:710356/288‑1 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCCAACACGTTCATGTCGTCTGACCGCCAGGAtttt > 2:1461783/1‑288 (MQ=255) ccGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCTGTAAATATCAGCTCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTTATGTCGTCTGCCTGCGCGGGTTTGcgcc > 2:570375/1‑289 (MQ=255) ||| CACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCAC‑CGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCC > CP042583/843119‑843678 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |