Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 845,185 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 845,185 | 0 | A | T | 99.3% | 670.4 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 845,186 | 0 | G | C | 99.7% | 661.9 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (144/139); total (145/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 845,187 | 0 | C | G | 99.3% | 666.9 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/139); minor base T (2/0); total (145/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATAGCCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAACTCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACGGA > CP042583/844905‑845464 ||| agtaAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTgtca > 1:314350/1‑288 (MQ=255) ccTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGc > 1:1841606/1‑288 (MQ=255) gcgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTGTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGTTCTACTATCAGAACTGCAATCAGTTGCTGGATTCGCGAGTCCTTGTCGGTCGCCCCg > 2:281228/1‑289 (MQ=255) cgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGa > 1:1389968/1‑289 (MQ=255) cgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGGGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGTATCCTGGTTAACATTCCGGCCTATTCCCTGGTCTACTATCAGGACGGCATTCAGGTGGTGGATTGGGGCGTCATTACCGGTCGccacc > 2:219213/1‑285 (MQ=255) cGTTGGCGCGGCCTACGATGATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGAGTTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCaa < 1:127994/288‑1 (MQ=255) cGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCaa < 1:1683695/288‑1 (MQ=255) 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tAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGt < 2:1775544/289‑1 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTTGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGc > 1:524834/1‑288 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAACACGCCGATGACGAGccggtc > 2:245372/1‑283 (MQ=255) 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aGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTa > 1:1745405/1‑289 (MQ=255) cGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGAGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCGACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGTTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTTCCCTTAACAACGTaacg > 2:1488865/1‑286 (MQ=255) tAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAACCGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTa > 1:1426345/1‑289 (MQ=255) cGTTTTCAGGAATGGCACGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAAcc < 1:843416/289‑1 (MQ=255) cGTTTGCAGGCAGGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGGGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAAcc < 2:1315674/289‑1 (MQ=255) tttCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGt > 2:565370/1‑261 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |