Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 861,307 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 861,307 | 0 | A | T | 100.0% | 163.1 / NA | 70 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 861,308 | 0 | G | C | 98.6% | 160.1 / NA | 70 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (25/44); total (26/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 861,309 | 0 | T | A | 100.0% | 163.6 / NA | 70 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (26/44); total (26/44) |
TCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTAGTGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCAGTTCCGCATGGGCGGCAGGTAAAGGCGGGATTGGACTTGCAGCAACACGTCTTGTTTATAGTGAAGGTGAAGAGCAAATTAGTCT > CP042583/861025‑861585 ||| tCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTAACGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGAAACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGTAGTTGAGTTTTAAAGGTGATTATACGGCTAGGGGGAAAGCGACTTGAGGTa > 2:1288568/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |