| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 862,700 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 862,700 | 0 | A | T | 100.0% | 496.3 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 862,701 | 0 | G | C | 99.5% | 489.9 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (99/108); total (100/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 862,702 | 0 | C | G | 100.0% | 488.5 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (100/108); total (100/108) | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TGTTGAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAG > CP042583/862420‑862969 ||| tgttgAGATAATGCCAGGGAGGGGGTTTGCCGCCTGTTTGACGACTTAACGCCTGGATTCAATGGGTGTTAATTCTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCCTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGGCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGc < 2:1720957/289‑1 (MQ=255)tgttgAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGc < 2:1084380/289‑1 (MQ=255)tgttgAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGc < 1:186472/289‑1 (MQ=255) tgAGATAACTCCAGAGAAGGGTATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCggg < 1:1700009/289‑1 (MQ=255) 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TGTTGAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAG > CP042583/862420‑862969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |