| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 862,814 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 862,814 | 0 | A | T | 100.0% | 478.6 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 862,815 | 0 | G | C | 98.5% | 466.0 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (94/104); minor base A (2/1); total (96/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 862,816 | 0 | T | A | 99.5% | 473.9 / ‑6.9 | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (95/104); minor base G (0/1); total (96/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGAGTGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACACCATTTACCAAACTT > CP042583/862534‑863093 ||| gtgttgggcATTGGCGGAGATTATTCCTGATACCAGCGTACCGTTTAATATGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCNGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCACCGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 2:523495/281‑1 (MQ=255)gtgtgtGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 1:898473/289‑1 (MQ=255)gtgtgtGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 1:707974/289‑1 (MQ=255) tgtgtgCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 2:332259/288‑1 (MQ=255) 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GTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGAGTGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACACCATTTACCAAACTT > CP042583/862534‑863093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |