Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 865,402 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 865,402 | 0 | A | T | 99.6% | 551.6 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,403 | 0 | G | C | 100.0% | 549.6 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/102); total (129/102) | |||||||||||
* | CP042583 | 865,404 | 0 | T | A | 99.6% | 547.1 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (128/101); total (129/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTA‑GGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTA‑‑ACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTG > CP042583/865125‑865681 ||| cAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAACCGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGct < 1:1204041/287‑2 (MQ=255) 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cTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTA‑GGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTA‑‑ACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTAttt > 1:445150/1‑288 (MQ=255) gTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGATGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTA‑GGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTA‑‑ACACGGGAAACGCGGGCTCAGTTAATGTCAACCAGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGTTAACCCGAGGCGATTCAGACATCACGTCCTGGCCTGCGCGTATGCGTTACCGATAGGCATAAACAAACTATTTccca > 2:1299128/1‑288 (MQ=255) ||| CAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTA‑GGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTA‑‑ACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTG > CP042583/865125‑865681 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |